Pierwsze “Zeszyty" ukazały się w 1993 roku. Pismo poświęcone duchowości (tak brzmi podtytuł) wydaje “Flos Carmeli", Wydawnictwo Warszawskiej Prowincji Karmelitów Bosych; redakcja mieści się w Poznaniu. Pomysłem na pismo (wtedy redaktorem naczelnym był o. Wojciech Ciak) były numery monograficzne - dotyczące m.in. modlitwy, wolności, samotności. Do 1995 r. ukazało się 10 numerów. Wtedy - ze względów ekonomicznych - wydawanie zawieszono.

Pięć lat później “Zeszyty" reaktywowano. Zasadnicza reforma nastąpiła od numeru 18., czyli pierwszego w 2002 r. Nowy zespół, z o. Antonim Rachmajdą na czele, postanowił “zrestrukturyzować" pismo. “Ponieważ chcemy, by nasze pismo nie dotyczyło tylko teorii, lecz opierało się na doświadczeniu i proponowało różne rozwiązania możliwe dla człowieka »żyjącego« wiarą (...), centralna jest dla nas »duchowość«, lecz pojmowana jako »...