Był prezydentem Warszawy przez ponad trzy lata (urzędowanie zaczął 18 grudnia 2002 r.). Zgodnie z zapowiedziami z kampanii wyborczej zaczął od przeprowadzenia gruntownych porządków w Ratuszu, pod hasłem oczyszczania miasta z ludzi tzw. “układu warszawskiego". Chodziło o układ biznesowo-towarzyski firmowany nazwiskami grupy stołecznych polityków PO i SLD, podejrzewanych o niejasne interesy, głównie związane z najważniejszymi inwestycjami stołecznymi.

Już na początku urzędowania, na fali walki z upiorami przeszłości, Kaczyński zwolnił z pracy setki ludzi. Na najbardziej eksponowane stanowiska - wiceprezydentów i dyrektorów - zatrudnił swoich współpracowników, głównie z czasów, gdy szefował Najwyższej Izbie Kontroli. Większość z nich już nie pracuje w stołecznym urzędzie: po ostatnich wyborach trafili do Pałacu Prezydenckiego lub zajęli stanowiska w rządzie....