Problemy muzeum rozpoczęły się w 2007 r., gdy ówczesny minister kultury i dziedzictwa narodowego Kazimierz Michał Ujazdowski odwołał ze stanowiska dyrektora Ferdynanda Ruszczyca. Powodem decyzji bynajmniej nie były sprawy programowe, tylko personalne. Ruszczyc zdymisjonował swoją zastępczynię, Dorotę Folgę-Januszewską, i decyzji tej nie skonsultował z ministrem. W efekcie przez dwa lata MNW nie miało dyrektora, a jedynie p.o.

Dopiero w sierpniu 2009 r. wakat został zapełniony. Niestety nie na długo. Prof. Piotr Piotrowski 12 października 2010 r. złożył rezygnację ze stanowiska dyrektora MNW. Nie miał wyjścia. Rada Powiernicza muzeum, na czele której stoi prof. Jack Lohman, 7 października odrzuciła plan reformy tej instytucji. "W obliczu jej decyzji, nie mając mandatu do realizacji przygotowanego przez Dyrekcję programu rozwoju MNW, z dniem 31 października...