Abp Józef Kowalczyk urodził się 28 sierpnia 1938 r. w Jadownikach Mokrych (powiat tarnowski).

Po ukończeniu liceum w Radłowie rozpoczął w 1956 r. naukę w seminarium w Olsztynie. Święcenia przyjął 14 stycznia 1962 r. z rąk biskupa warmińskiego Józefa Drzazgi.

Po dwuletniej pracy jako wikariusz w Kwidzynie, podjął w 1964 r. studia z prawa kanonicznego na KUL, kontynuował naukę na rzymskim Gregorianum, gdzie w 1968 r. obronił doktorat. Uzyskał także dyplom archiwisty Tajnego Archiwum Watykańskiego; rozpoczął pracę jako obrońca węzła małżeńskiego w Najwyższym Trybunale Apostolskim Roty Rzymskiej. Od 1969 r., z polecenia prymasa Wyszyńskiego, pracował w watykańskiej Kongregacji ds. Dyscypliny Sakramentów w Kurii Rzymskiej.

W latach 1976-1978 odwiedzał Polskę jako członek Zespołu Stolicy Apostolskiej do Stałych...