Od rozpadu Jugosławii minęły dwie dekady, ale lokalne Kościoły i związki religijne dopiero od niedawna uwalniają się od wpływów nacjonalistycznych. Serbską Cerkiew przed polityką pojednania powstrzymywali nie tylko hierarchowie skompromitowani współpracą z reżimem Miloševicia, ale i sprawa Kosowa, której symbolicznym zakładnikiem zostały znajdujące się tam prawosławne klasztory. Na jej wizerunku zaciążyła też obecność duchownych u boku serbskich oddziałów w Bośni oraz uznawanie konfliktu z Boszniakami (bośniackimi muzułmanami) za kolejną odsłonę starcia z islamem, rozpoczętego 623 lata temu na Kosowym Polu.

Również chorwacki Kościół katolicki od początku zaangażował się po stronie nacjonalistów. Jedno z najsłynniejszych wystąpień ojca niepodległości kraju, b. prezydenta Franjo Tudjmana, odbyło się w Niedzielę Palmową w 1990 r., kiedy mieszkańcy Zagrzebia usłyszeli z trybuny: „...