Zadeklarowanie "raczej chłodnego stosunku" do odziedziczonej po poprzedniku innowacji wywołało gorące reakcje przedstawicieli Kościoła. Przewodniczący Rady Episkopatu Polski ds. Środków Społecznego Przekazu i współprzewodniczący Komisji Wspólnej Rządu i Episkopatu abp Sławoj Leszek Głódź ocenił wypowiedź ministra jako "nieroztropną i szkodliwą". Jego zdaniem, decyzja o nieuwzględnianiu religii w obliczaniu średniej dyskryminowałaby wierzących różnych wyznań. "Religia jest zakorzeniona w polskiej tradycji i dlatego pomijanie tego wymiaru jest niczym innym, jak tylko dyskryminacją ludzi wierzących, a zwłaszcza, że jest to prawo do religii, a nie łaska - powiedział abp Głódź. - Jeżeli minister Legutko chce konfliktu i dysharmonii społecznej, to będzie ją miał. Zapowiedź zniesienia religii z listy przedmiotów wliczanych do średniej bez konsultacji z Kościołem uważam za arogancję...