W latach 50. XX w. był niekwestionowanym przywódcą grupki naukowców pracujących w Jerozolimie, którzy mieli zaszczyt badać fragmenty Zwojów znalezione w jedenastu jaskiniach między 1949 a 1956 r. Opracował kilka tomów "Discoveries in the Judaean Desert", oficjalnej publikacji na temat znalezisk w Kumran, jak również aramejskie fragmenty Ksiąg Enocha. Jego znakomite ogólne wprowadzenie do tematu Zwojów, "Ten Years of Discovery in the Judaean Desert", napisane po francusku, zostało przetłumaczone na wiele języków, w tym na polski.

Po raz pierwszy spotkałem go w Jerozolimie, w 1952 r. Było to w czasie mojej pierwszej podróży do Ziemi Świętej, po doktoracie poświęconym Rękopisom - Milik badał już na miejscu fragmenty odkryte w grocie nr 1. Józef był życzliwym, wspaniałomyślnym człowiekiem i pozwolił mi badać fragmenty, które opracowywał do publikacji. Pokazał mi...