Podejrzenia wzbudziły jego kontakty z Menachemem (Mieczysławem, Michaelem) Bullem – izraelskim lobbystą pracującym dla koncernu Rafael.
Skrzypczak przyznał w ubiegłotygodniowej rozmowie z „Tygodnikiem”, że zna Bulla od trzynastu lat. Spotykał się z nim regularnie: u siebie w domu, a także w apartamencie lobbysty w hotelu Victoria. Zerwał znajomość, gdy Bull zaczął naciskać, by Skrzypczak – odpowiedzialny za przetargi na uzbrojenie armii – podpisał kontrakt korzystny dla Rafaela.
W kwietniu SKW złożyła do prokuratury zawiadomienie w związku z podejrzeniami, że Skrzypczak dał się skorumpować. A także drugie, w którym znalazło się podejrzenie, że Bull pracuje dla obcego wywiadu.
Dzień po tym, jak poinformował premiera, że odebrał wiceministrowi dostęp do ściśle tajnych informacji, szef SKW gen. Janusz Nosek dowiedział się, że zostanie zwolniony ze stanowiska.